据统计，患子宫内膜异位症者有41．5～43．3％的人不孕，占继发性不孕的46．6～47．3 %，其原因并不很清楚。
多数人认为，子宫内膜异位症与盆腹腔异位内膜病变造成的粘连引起输卵管功能失常、管腔堵塞有关，从而影响了卵子的收集和运行而致不孕。但也可能与卵巢病变影响正常排卵有关。此外在子宫内膜异位症与不孕症之间还可能存在互为因果的关系。由于婚后久不受孕，体内孕激素水平偏低，失去了对子宫内膜及异位内膜生长的抑制作用，使症状更加严重；又由于异位内膜出血后蛋白质的吸收可导致自身免疫反应增强，引起体内前列腺素分泌增多，从而抑制排卵，或促使黄体溶解，以致不能维持早期妊娠而流产。
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